Tidak ada konsensus mengenai awal mula praktik wakaf di Malaysia, namun banyak sumber menyatakan bahwa perwakafan di Malaysia telah dimulai sejak awal mula penyebaran Islam di Malaysia.
Wakaf telah menjadi praktik umum di masyarakat Malaysia. Hal ini ditandai dengan beberapa masjid di Malaysia yang berbasis wakaf, seperti Masjid Hulu di Malaka dan Masjid Sultan Abu Bakar di Johor. Meskipun tidak sebanyak yang terdapat di Kesultanan Turki Utsmani, Mesir, dan Afrika Selatan, dapat dikatakan bahwa wakaf tidaklah terlepas dari kehidupan masyarakat di Malaysia.
Menurut Othman (1986), praktik wakaf di Malaysia dipercaya telah berlangsung selama delapan abad, sejak kehadiran pedagang muslim Arab yang menyebarkan agama Islam di semenanjung Melayu pada abad kesepuluh.
Kerangka hukum wakaf di Malaysia mengikuti kerangka hukum Islam lainnya di Malaysia. Konstitusi federal Malaysia mengamanatkan bahwa aturan agama Islam termasuk perwakafan di negara-negara bagian yang memiliki sultan (atau dengan gelar lain yang setingkat) diatur oleh peraturan yang berlaku di negara bagian tersebut. Adapun pada negara-negara bagian yang tidak memiliki sultan, seperti Sabah, Serawak dan Malaka, serta teritori federal seperti Kuala Lumpur dan Putrajaya, pengaturan agama Islam termasuk pengelolaan wakaf mengikuti Administration of the Religion of Islam (Federal Territories) Act 1993.
Secara rinci, peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan wakaf di Malaysia sebagaimana disampaikan oleh Zubaidah & Hilal (2009) ialah sebagai berikut:
- Federal Constitution 1957.
- National Land Code 1965 (NLC),Administration of Islamic Law (Federal Territories).
- Selangor Wakaf Enactment.
- Trustee Act 1949.
- Malacca Wakaf Enactment 2005.
- Negeri Sembilan Wakaf Enactment 2005.
- Dan peraturan hukum Islam lainnya yang dikeluarkan setiap negara bagian.
Sistem perwakafan di Malaysia sendiri berpusat pada pemerintah pada setiap negara bagian. Hal ini dikarenakan 9 dari 13 negara bagian di Malaysia adalah negara berbentuk kesultanan dengan sultan sebagai kepala pemerintahan lokal merupakan kepala agama Islam di daerah yang dipimpinnya.
Setiap negara bagian memiliki sebuah Majlis Ugama Islam (MUI) sebagai pelaksana setiap aturan agama Islam di negara bagian bersangkutan. Kemudian, setiap MUI memiliki wewenang untuk mengesahkan, mengatur, mengawasi dan mengelola wakaf konsumtif yang berada di dalam negara bagian. Majlis tersebut memiliki Dewan Penasihat dan Komite Manajemen Aset Wakaf.
Dewan Penasihat terdiri atas individu-individu berpengalaman di bidang hukum syariah yang ditunjuk oleh Majlis dengan Mufti negara bagian, sekretaris MUI, Direktur Agraria negara bagian serta pejabat negara bagian di bidang konsultan hukum menjadi anggota tetap. Adapun anggota lainnya terdiri atas pejabat keuangan negara bagian, para akademisi dan praktisi pada profesi terkait hukum syariah, manajemen properti dan manajemen keuangan.
Pengelolaan wakaf di Malaysia yang secara umum berada pada wewenang MUI dianggap belum secara signifikan berkontribusi pada kesejahteraan masyarakat, baik secara ekonomi dan sosial. Hal tersebut disebabkan oleh pengabaian otoritas terhadap manajemen keuangan wakaf
Permasalahan tersebut mendorong masyarakat Malaysia agar pemerintah membentuk institusi wakaf yang mengelola wakaf secara terpusat dengan manajemen yang efisien sehingga dapat mendorong pertumbuhan aset wakaf di Malaysia. Oleh sebab itu, Perdana Menteri Tun Abdullah Ahmad Badawi mengumumkan pembentukan Department of Waqf, Zakat and Haj (JAWHAR) pada tahun 2008.
JAWHAR merupakan pelaksana kewenangan pemerintah federal dalam urusan pengelolaan wakaf. Pembentukan JAWHAR diharapkan memberikan perkembangan pada pengelolaan wakaf secara lebih terorganisir, sistematis dan efektif. Namun, pada dasarnya, Majlis Ugama Islam atau Majelis Agama Islam setiap negara bagianlah yang diberi kewenangan penuh untuk mengatur dan mengelola aset wakaf yang berada di daerahnya, karena MUI setiap negara bagianlah yang merupakan pengelola utama aset wakaf di negara bagian masing-masing. Karenanya, JAWHAR dalam menjalankan tugasnya sebagai pelaksana kekuasaan federal di bidang perwakafan hanya bertindak sebagai koordinator MUI-MUI yang terdapat di negara bagian.